2004-2005年开始筹备建立数字医学教育部工程研究中心；
2006年依托于上海交通大学生物医学工程专业于教育部立项建设；
2011年通过教育部专家组验收，中心正式成立，戴尅戎院士担任中心主任职务；
2018年评为教育部优秀工程研究中心，在全国89个参评中心里排名前14；
2021年4月，中心第四届技术指导委员会成立：戴尅戎院士担任中心荣誉主任职务、郑诚功教授担任中心主任，刘昌胜院士担任技术指导委员会主任，与11名技术指导委员会委员构成中心第四届技术指导委员会。
第一届技术指导委员会
技术委员会主任：王威琪， 邱蔚六
委员：常江，陈亚珠，戴尅戎，顾柏林，刘道志，卢建熙，李亦学，阮雪榆，施强华，王成焘 ，王璐虹，王喜太，徐学敏，张建国，朱贻盛，朱振安
数字医学教育部工程中心验收会
2011年12月，卢世璧（组长）、钟世镇、王正国、侯春林（副组长）、潘明荣、严壮志、王刚、常江、宋志坚，一致同意通过验收。
第二届技术指导委员会
2012年5月，成立第二届技术指导委员会，召开第一次会议。
技术指导委员会主任：王威琪
委员：常江，樊瑜波，刘道志，潘明荣，秦岭，山卫东，施强华，徐学敏，张建国，郑诚功，王喜太，宋志坚，俞文伟，张绍祥
第三届技术指导委员会
技术指导委员会主任：王威琪
委员：常江，高维强，季波，沈国芳，徐学敏，张建国，郑诚功，古宏晨，刘宇，宋志坚
教育部优秀工程研究中心
2018年评为教育部优秀工程研究中心，在全国89个参评中心里排名前14。
第四届技术指导委员会
技术指导委员会主任：刘昌胜
技术指导委员会委员：徐学敏，高维强，王拥军，花醒鸿，袁征，华子恺，古宏晨，宋志坚，裴国献，程黎明，赵杰
中心荣誉主任：戴尅戎
中心主任：郑诚功